Ok, son varios estilos los que tienes que cambiar, efectivamente el color verde es #91C448, pero no cambiando uno te cambia la web entera.
Ejemplos:
Linea 361
#page-header, .ei-title h3, .timeline-item .timeline-icon .circle-outer, .timeline-item .timeline-icon .dotted-horizon, .timeline-container .tooltip.top .tooltip-arrow{
border-color:#91C448;
}
Ese es únicamente para la linea de hasta arriba en la cabecera.
Linea 345
#main-menu > li.current-menu-item, #main-menu > li.current-menu-parent, .search-box .search-form .search-submit, .ei-title h2 a, .ei-slider-thumbs li a:hover, .ei-slider-thumbs li.ei-slider-element, .hover-effect .mask a.link-detail, #main-menu > li.menu-home-icon.current-menu-item > a, .timeline-item .timeline-icon div .post-type, .time-to-filter .top-ring, .time-to-filter .bottom-ring, .timeline-item .timeline-icon .circle-inner, #time-line, .timeline-container .tooltip-inner{
background-color:#91C448;
}
Ese te cambia la casita de home, la lupa, las lineas y título del slider.
Y así tienes que ir revisando todos los estilos utilizados en verde y cambiarlos a negro.
El Problema.
Tienes metidos muchos estilos y reglas directamente en la cabecera de la web en lugar de tenerlos en el archivo CSS y ahí es donde tienes el conflicto.
Las lineas que te puse arriba son del código html de tu web inspeccionando y no del archivo CSS, que es en donde debería de ir.
Tienes que quitar todos esos estilos de ahí, pasarlos al CSS y solo modificar desde el.
Saludos.