Puedes concretar un poco más? Has generado las páginas para WooCommerce, con los shortcodes correspondientes?
Bueno he creado un theme basico con las funciones de header,aside y footer funciona bien pero a la hora de instalar el woocommerce… el carrito y coge la page pero la tienda no
Has revisado la documentación online que ofrece WooCommerce? Quizás encuentres alguna pista de lo que pueda pasar…
https://docs.woothemes.com/
Quizás esta entrada pueda aportar algo de luz:
https://docs.woothemes.com/document/third-party-custom-theme-compatibility/
Cuando creas un theme propio tienes que hacer que sea compatible con Woocommerce.
Para ello duplica el archivo page.php de tu theme y renombralo como woocommerce.php. Una vez hecho esto borra el loop y pon esto en su lugar:
<?php woocommerce_content(); ?>